En 2065, la Terre est en état de guerre. Des extra-terrestres sont apparus après la chute d'un astéroïde. Capables de passer à travers la matière et de tuer d'un simple contact, ils sont surnommés "les fantômes." Si les militaires croient en l'efficacité d'une arme surpuissante, le Canon Zeus, pour éliminer la menace, le Docteur Syd et son assistante, Aki Ross, sont persuadés que l'utilisation de cette arme consumera l'âme de la Terre, nommée Gaïa.

Aki Ross : Scientifique hantée par des rêves de destruction.

Capitaine Gray : Ancien amant d'Aki.

Docteur Sid : Mentor d'Aki.

Général Hein : Militaire dont la famille a été exterminée par les Fantômes.

Neil : Comique de l'équipe de Gray.

Jane : Membre des l'équipe de Ryan, hargneuse.

Ryan : Colosse aux ordres de Ryan.